ตามที่มหาวิทยาลัยบูรพาร่วมกับสำนักงานมาตรฐานผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรม (สมอ.) เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้หน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชนมีขีดความสามารถในการบริการตามมาตรฐานสากล ยอมรับ สำนักงานมาตรฐานสากลจึงได้ให้ความช่วยเหลือในการจัดทำระบบตามมาตรฐานสากล ISO 14001 Version 2004 เพื่อให้หน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยสามารถพัฒนาและจัดทำระบบได้อย่างมีประสิทธิภาพ สำนักคอมพิวเตอร์ซึ่งเป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยหน่วยงานหนึ่งที่ได้เข้าร่วมโครงการจัดทำระบบบริหารจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 Version 2004 ของมหาวิทยาลัย สำนักคอมพิวเตอร์ได้ดำเนินการจัดทำระบบบริหารจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 Version 2004 ระหว่างเดือนกุมภาพันธ์-เดือนสิงหาคม พ.ศ.2548 โดยผ่านการตรวจรับรองระบบเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ.2548 จากบริษัททูฟไลแลนด์ ซึ่งในขณะนั้นสำนักคอมพิวเตอร์เป็นส่วนงานแรกของมหาวิทยาลัยที่ได้รับการรับรองระบบดังกล่าว และได้มีการดำเนินงานตามระบบมาจนถึงปีงบประมาณ 2555

ในปีงบประมาณ 2556 สำนักคอมพิวเตอร์ ได้เชิญบริษัทบูโรเวอริทัสเซอทิฟิเคชั่น (ประเทศไทย) จำกัด มาเป็นที่ปรึกษาเพื่อทำการปรับปรุงระบบและปรับปรุงเอกสารให้สอดคล้องกับข้อกำหนดและกฏหมายที่ควบคุมในปัจจุบัน ได้มีการตรวจเตรียมความพร้อม เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2556 และได้รับการรับรองระบบเมื่อเดือนมิถุนายน 2556